Когда в начале 90-х на рынке начали появляться объемистые нейкеды вроде Honda CB1000, в Yamaha поняли, могут не успеть за паровозом и представили свой вариант мощного нейкеда XJR 1200, дизайн которого отзывался отголоском спорт-туреров из 80-х, вроде XS Eleven (XS11, XS1100). Как любой правильный нейкед, XJR 1200 обязан был комплектоваться мощным двигателем, и в Yamaha не пришлось его создавать с нуля - слава Богу, из прошлых наработок вполне подходил агрегат от FJ-1200.

Создать образ маскл-нейкеда для XJR 1200 помогла новая выхлопная система, которая с перенастроенными карбюраторами еще и улучшила показатели двигателя. И, в 1994 году, наконец, мотоцикл был представлен на всеобщее обозрение.

К 1997 году появилась SP-версия, которая, если не брать в расчет расцветку, отличалась более удобным сидением и подвесками (на обычном XJR 1200 имела возможность настройки только передняя часть подвески, а в SP также и задний амортизатор Ohlins).

В Японии выпускался свой XJR 1200, с более "продвинутой" комплектацией. Среди прочего, японская модель отличалась передними и задними подвесками Ohlins, 4-поршневыми скобами Brembo и полностью цифровой приборной панелью. К тому же, японская версия XJR имела ограничение скорости в 180 км/ч.

С 2001 года обычная и SP- версии XJR 1200 стали отличаться только цветом, технически же стали идентичными.

В 2002 году произошло одно из самых важных изменений модели. Не больше XJR 1200 SP-версии - она "срослась" с обычной. Кроме этого, на мотоцикл начинают устанавливать обновленные задние тормоза, топливный бак измененной, более стремительной формы, новые карбюраторы (для поддержания новых экологических стандартов) и новый выхлопной коллектор.

2004 год тоже внес некоторые изменения в модель: шины от Fazer 1000, новые тормозные диски и тормозные цилиндры. Передний и задний амортизаторы с завода настраиваются жестче. В приборную панель интегрирован небольшой дисплей с иммобилайзером. Выхлопная система обзавелась катализатором.

Среди конкурентов мотоцикла отметим BMW R1100R, Ducati M900, Triumph Speed Triple, Honda CB1000 и еще одну модель от Yamaha - V-max.

В 1999 году на смену XJR1200 пришла модель XJR1300, среди немногочисленных отличий которой, если не считать возросший до 1250 см.куб. рабочий объем двигателя, является передняя тормозная система от спортбайка YZF-R1.